El cálculo de una comisión de pago con Bitcoin depende de dos factores: cuánto espacio en la cadena de bloques necesita la transacción y cuál es la tarifa pagada por ese espacio.

Si la comisión estimada parece alta, el importe de BTC que vas a enviar no basta para explicarla. Es posible que tu monedero esté usando varios pagos pequeños que recibiste anteriormente. Combinar esos importes puede generar una transacción más grande que usar un solo pago recibido, por lo que la comisión total puede ser más alta aunque la tarifa no haya aumentado.

Esto forma parte del funcionamiento habitual de las comisiones de Bitcoin. Recibir pagos pequeños con frecuencia puede hacer que tengas que pagar por más datos cuando los gastas juntos; por separado, la demanda de la red afecta al precio de ese espacio. Comparar el tamaño de la transacción y la tarifa ayuda a distinguir esos dos motivos por los que la comisión estimada puede ser más alta.

Fuente: https://bitcoin.org/en/faq#how-much-will-the-transaction-fee-be