1993年，三名蒙面男子出現在《連線》雜誌的封面上。加州大學伯克利分校數學家埃裏克·休斯 (Eric Hughes)、英特爾前高級科學家蒂莫西·梅 (Timothy May) 和計算機科學家兼電子前沿基金會聯合創始人約翰·吉爾摩 (John Gilmore) 被稱爲密碼朋克。 Steven Levy 在雜誌上發表的題爲“加密叛逆者”的文章是媒體首次提及這些人。

1992 年末，這三人邀請 20 位朋友參加一次非正式會議，討論編程和密碼學方面的重要問題。這些會議每月舉行一次，並在 John Gilmore 的 Cygnus Solutions 舉行。在第一次會議上，該組織被稱爲“cypherpunks”，這是“cipher”和“cyberpunk”之間的文字遊戲。

該團體不斷壯大，並決定創建一個郵件列表以吸引舊金山以外的其他密碼朋克。該郵件列表變得很受歡迎，其中包括數百名訂閱者，他們交換想法並討論使用 PGP 等新加密方法的開發。這使得思想得以傳播到世界各地。

該小組討論了廣泛的主題，包括數學、密碼學、計算機科學、政治和哲學。儘管該團體並不總是意見一致，但這是一個尊重隱私和個人自由的開放論壇。

密碼朋克的主要思想在埃裏克·休斯 (Eric Hughes) 1993 年撰寫的《密碼朋克宣言》中概述。宣言的關鍵原則之一是保密的重要性。該宣言還包含後來在加密貨幣中實施的想法。

在接下來的幾年裏，人們多次嘗試創建匿名交易系統。 1997 年，Adam Back 博士創建了 Hashcash 系統，該系統可以防止垃圾郵件，並且需要計算能力來發送電子郵件。 1998年，Wei Dai發佈了B-Money，提供了存儲交易數據的方法。 2004 年，Hal Finney 創建了可重複使用的工作證明，2005 年，Nick Szabo 推出了 Bitgold 項目。

然而，真正的突破出現在 2008 年 10 月，當時中本聰將他的文章發送到了密碼朋克郵件列表。在這篇文章中，他研究了開發人員過去面臨的問題並提出瞭解決方案，包括雙重支出。 2009年1月，中本聰挖出了比特幣的創世區塊，這標誌着加密貨幣時代的開始。