Criar um novo chat a partir de um branch: o que é separado é apenas a conversa; ela mantém o contexto anterior. As duas conversas se baseiam na mesma pasta do projeto, e alterações nos arquivos afetarão uma à outra.

Worktree: com base em branches do git, cria dois diretórios de trabalho. O worktree é baseado no repositório git e o projeto precisa ter pelo menos uma confirmação (commit) feita.

Resumo em uma frase: a conversa por branch separa o histórico de chat por diretórios, mas não separa o projeto; o Worktree separa o projeto e as conversas.