どれも「コイン」と呼ばれますが、ブロックチェーン自体のネイティブコインもあれば、別のチェーン上で発行されたものもあります。
私はこう理解しています。ネイティブコインはプロトコル自体によって記録・発行され、トークンの残高は対応するコントラクトに記録されます。そのルールはコントラクトのコード次第です。
ラップドトークンは、ある資産を1:1で別のチェーンや別の規格に対応させたものです。たとえばWBTCは、イーサリアム上でビットコインを表すERC-20トークンです。
$ETH はイーサリアムのネイティブコインで、イーサリアム上のトークンを送金する際には、いずれもGasの支払いに$ETH を使います。